Anormal ve geçirgen bağırsak florası nedeniyle; toksinler, ağır metaller, katkı maddeleri, iyi sindirilemeyen besinler, bağırsak duvarından kana ve kan yoluyla beyne gider. Bu yüzden beynimiz toksinlenir. Bu durum otizm, şizofreni, epilepsi, depresyon, bipolar bozukluk, anksiyete, obsesif kompulsif bozukluk, dikkat eksikliği, hiperaktivite, disleksi, dispraksi, panik atak, öfke problemleri gibi birçok psikolojik probleme neden olabilir. 

GAPS diyetiyle bağırsak florası dengelenir, bağırsak duvarındaki hasar giderilerek geçirgenlik önlenir. Ve böylece yukarıda saydığım hastalıklar tedavi edilebilir ya da önlenebilir.