Akupunktur  vücutta bulunan doğal sakinleştirici maddeleri salgılatarak stres seviyesini azaltır ve kortizolun kanda düşmesini sağlar. Akupunktur tedavi süreci ilerledikçe de vücudun kanda kortizol değeri azalınca kortizol fazlalığın devreye soktuğu mekanizmalar tek tek zamanla kırılmış olur.
Akupunktur limbik sistem, otonom sinir sistemi ve endokrin sistemi üzerine etki ederek tedaviyi sağlar. Limbik sistem, duygu ve davranışların düzenlenmesi, uzun süreli hafıza ve motivasyondan sorumlu beyin bölgelerinin ortak adıdır. Beyin ödül merkezi de burada bulunur. Yine akupunktur kanda serotonin, endorfin, dopamin ve ağrı kesicileri artırarak keyif verir, endişeleri yok eder, kaygıları azaltır ve vücut ağrılarını dindirir.